一、公司设立协议与公司章程的不同性质与效力
　　公司设立协议又称发起人协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的关于公司设立事项的协议。中外合资企业合同和中外合作企业合同在性质上亦属中外合资公司和中外合作公司的设立协议。设立协议的作用在于确定所设公司的基本性质和结构，协调发起人之间的关系及其权利和义务。公司章程是公司存在和活动的基本依据，是公司行为的根本准则。国家有宪法，公司有章程，章程对于公司的作用有如宪法对于国家的作用。
　　公司设立协议与公司章程的性质不同。设立协议是任意性文件，虽然公司发起人通常都会订立此种协议。但除了中外合资公司和中外合作公司外，法律并不强求当事人一定要订立设立协议；而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。同时，设立协议是不要式法律文件，作为当事人之间的合同，主要根据当事人的意思表示形成，其内容更多地体现了当事人的意志和要求；而公司章程则是要式法律文件，除反映当事人的主观要求之外，更反映和体现法律对公司内外关系的强制性要求，因此，公司章程必须按公司法的规定制订，必须包含法定的记载事项，否则将导致章程的无效。
　　公司设立协议与公司章程的效力也不同。从效力的范围来看，由合同或协议的相对性决定，设立协议既由全体发起人订立，调整的是发起人之间的关系，因而只在发起人之间具有法律约束力；而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系，其中包括制定章程时的原始股东和章程制定后加入公司的新股东，都统受章程的约束。从效力的期间来看，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系和法律行为，因而它的效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止；而公司章程的效力则及于公司成立后整个的存续过程，直至公司完全终止。
　　当然，公司设立协议与公司章程之间的差异并不否定二者之间存在内在的密切联系。公司章程应规定的主要事项通常也是设立协议需约定的事项，如公司名称、注册资本、经营范围、股东构成、出资形式、组织机构、增资、减资、合并、分立、终止等事项，不仅是公司章程的法定记载事项，而且也常为设立协议所约定。发起人订立协议的目的除了约定设立过程中双方的权利义务、协调各发起人的设立行为外，也是为了对未来公司的性质、框架及内外法律关系作出总体的设计。因而公司章程通常是在设立协议的基础上根据法律的规定制成，在没有争议和符合公司法的前提下，设立协议的基本内容通常都为公司章程所吸收，甚至设立协议的条文为公司章程原封不动地搬用，一般不会发生二者间的矛盾和冲突，因此，依照设立协议还是依照公司章程来解决公司的争议通常并不成为特别的法律问题。
　　二、公司设立协议的终止与公司成立前后的法律关系
　　合同履行是合同终止的基本原因，公司的设立过程就是履行设立协议的过程，公司的成立就是履行设立协议的结果，并标志着公司设立过程的结束和设立协议的终止。公司成立时，设立协议可能已全部履行，但也可能是部分履行，有些条款，特别是关于公司成立之后的法律事项，如关于公司合并、分立、解散、清算等事项的约定尚不可能履行，但由于这些事项作为公司组织自身的法律关系已转成公司法规范的对象，或成为公司章程规定的内容，因而设立协议中未履行的条款也同样终止。需要指出，如果对于相同的法律事项，设立协议与公司章程有不同的规定，无疑设立协议应让位于公司章程，自然失效。如果设立协议中有公司章程未涉及但又属公司存续或解散之后可能会遇到的事项，相应的条款可继续有效，但效力只应限于签约的发起人。
　　股东或投资者间的关系和利益冲突，在公司成立之前，是由发起人协议调整，而在公司成立之后，则由公司章程和公司法调整。公司设立过程中发起人之间的关系属于合同关系，在公司成立后，这种关系即转变为法定关系，股东享有什么权利、承担什么义务以及违反义务时应承担什么责任等，都不再是股东可以自由约定的，而必须服从法律的强制性规定。股东之间和股东与公司之间的争议也不再是违约之争，而通常都是侵权之争，即因股东相互之间侵犯他人权利、股东侵犯公司权利或公司侵犯股东权利而产生的争议。此种案件也不应作为合同纠纷而应作为公司纠纷受理。解决这种争议的依据当然是公司法和公司章程的规定，而不是股东作为发起人时签订的设立协议。
　　当然，设立协议的终止并不意味着其不再具有任何法律意义。如同其他已终止的合同一样，对合同有效期内发生的涉及签约当事人利益的问题，该协议仍是处理相关争议的基本依据，只是需要明确，这种争议应是公司设立期间、而不是公司成立后的行为所发生的争议，争议所涉及的利益应是签约发起人的个别利益，而不是公司的整体利益。对于本文其后所述的违反出资义务的行为，公司已受整体损害，但只有在其他发起人也同时遭受个别损害的情况下，才可依据设立协议提起违约之诉。
　　三、追究股东出资义务的诉讼依据
　　涉及公司设立行为和设立协议的争议经常起于发起人违反出资义务的行为。在公司成立之后，已履行出资义务的当事人会提出的诉讼请求经常是解散公司、追究股东出资不到位的责任或者取消股东的股东资格和股权。而提出此种请求究竟应依据设立协议还是公司法或公司章程的规定呢？
　　解散公司是终止公司法律人格的重大法律行为，是公司存续期间最为重要的法律事项。根据公司法的规定，解散公司的原因可以是公司营业期间届满、股东会决议解散、因公司合并或者分立需要解散以及章程约定的其他解散事由发生等。公司的解散只能基于公司法规定的原因，其中包括公司法所承认的由公司章程所规定的解散事由，因此，任何解散公司的请求也只能以此为依据，而不能根据设立协议的约定，只在发起人之间具有约束力的协议显然不能具有决定未来股东关系和公司法律人格有无的效力。
　　对股东出资责任的追究是最为常见的诉讼请求，股东的出资责任恰好是公司法至为关注、而设立协议无权另行约定的问题。对于未履行或未完全履行出资义务的行为，公司法规定了未出资股东的出资填补责任和其他发起人的连带认缴责任。这种责任的追究属于公司对股东的权利，而不属于股东对股东的权利，因此，相应的诉讼当事人应以公司为原告，以未出资的股东为被告。同时，出资责任是违反出资义务的直接法律后果，对出资责任的追究是公司法的强制性规定，无论公司本身还是公司的股东都无权改变或放弃，如果公司不予追究，股东应有权代表公司提起诉讼。如果公司放任不履行出资的行为持续，将构成公司法上的违法行为——虚假出资。
　　对股东资格和股权的认定是更进一步的法律问题，未履行出资义务是否当然丧失或根本就不享有股权，是需要专门研究的复杂问题，但至少有两点可以肯定：其一，在未完全履行出资义务的情况下，股东在其已出资金额范围内享有的股权是不可否定的。其二，在任何情况下，对股权的认定，包括股权的转让和处置都只能根据公司法和公司章程的规定，而不是根据设立协议。
　　司法实践中，当事人在公司成立之后，以设立协议为据提出诉讼请求，有的请求确认发起人协议无效或请求判令终止或解除设立协议，这都是对设立协议性质和作用的误解。既然设立协议的使命在公司成立后已告完结，因而确认设立协议无效的确认之诉或请求终止或解除设立协议的变更之诉也就无从提起，这样的司法裁决也不会产生确认或改变当事人间实体权利义务关系的任何实际意义。如果当事人的意图在于肯定或否定股东或公司的某种权利义务或责任，通过此种诉讼请求也无法达到目的。